鄭成功領(lǐng)有臺(tái)灣之后，建立了臺(tái)灣第一個(gè)漢人政權(quán)，也帶來一波漢人移民潮。鄭成功雖然在攻下臺(tái)灣的同一年逝世，但繼位的鄭經(jīng)與鄭克塽持續(xù)統(tǒng)治臺(tái)灣21年，并在陳永華的規(guī)劃之下，引進(jìn)中國明制的宮室、廟宇和各種典章制度，奠定了臺(tái)灣在日后成為一個(gè)以漢民族文化為主的社會(huì)，而不僅僅是另一個(gè)海外華埠。因此有學(xué)者形容此役“決定臺(tái)灣爾后四百年命運(yùn)”。

在荷蘭東印度公司方面，失去大員這個(gè)據(jù)點(diǎn)之后，“東南亞—大員(對(duì)中國轉(zhuǎn)口)—長崎(日本)”的商路中斷，對(duì)中國貿(mào)易量也急遽減少，損失甚大。荷蘭東印度公司數(shù)度企圖恢復(fù)這條航路，因而與清廷聯(lián)手攻打鄭氏。

1663年清荷聯(lián)軍攻打金門和廈門，此時(shí)鄭成功已死，鄭軍領(lǐng)袖為鄭經(jīng)。雙方在金門烏沙港交戰(zhàn)，鄭軍落敗，先撤往銅山，不久之后全軍轉(zhuǎn)往臺(tái)灣，完全失去在大陸的根據(jù)地。但此役之后清廷僅贈(zèng)送銀兩與禮物給東印度公司，并未派兵協(xié)助攻打臺(tái)灣。

1664年8月，東印度公司占領(lǐng)雞籠。同年11月，荷蘭艦隊(duì)與清靖海將軍施瑯率領(lǐng)的水師組成聯(lián)軍，準(zhǔn)備攻打臺(tái)灣，但一出海面便遭遇大風(fēng)浪被迫折回。此后清廷對(duì)攻臺(tái)轉(zhuǎn)趨消極，東印度公司也因?yàn)檫B年軍事行動(dòng)造成財(cái)政困難，雙方皆不再對(duì)臺(tái)灣采取軍事行動(dòng)。此外，由于清廷厲行海禁，東印度公司在基隆的據(jù)點(diǎn)幾乎無利可圖，維持費(fèi)用卻十分龐大，因此于1668年7月自行放棄撤出。

至于大員長官揆一則因?yàn)橥督刀艿綄徟?，被軟禁于班達(dá)(Banda)群島，直到1674年家人以25000荷盾將他贖回。1675年他出版《被遺誤的福爾摩沙》一書為自己辯護(hù)。

東印度公司離臺(tái)

1662年2月1日(永歷十五年十二月十三日)，揆一在投降協(xié)議書上簽字。

條約重點(diǎn)為：

雙方停止一切敵對(duì)行動(dòng)，并忘記仇恨。荷方將城堡、大炮、軍用物資、商品和現(xiàn)金交給國姓爺。荷蘭人可攜帶一切返回巴達(dá)維亞必須使用的食物、工具等物品。荷蘭士兵得以揚(yáng)旗、鳴炮、荷槍、擊鼓、列隊(duì)上船。國姓爺應(yīng)釋放所有荷蘭俘虜。東印度公司應(yīng)釋放所有中國人俘虜。2月9日(永歷十五年十二月二十一日)，2000名荷蘭人登上8艘荷蘭船艦，等候出航?！稛崽m遮城日志》記錄至這一天為止。

1662年2月17日，揆一率領(lǐng)盧斯杜南號(hào)、唐堡號(hào)、安克文號(hào)、梅頓號(hào)、泰伯特號(hào)、納爾登號(hào)、白鷺號(hào)和羅南號(hào)啟程，結(jié)束了荷蘭在臺(tái)灣38年的統(tǒng)治。